Para la realización de esta actividad necesitamos una función llamada WritePDB que permite la escritura de una línea completa de la zona ATOM de un fichero pdb. Así si se guarda un fichero escrito entero con esta función se podría leer con cualquier visor de proteínas como por ejemplo Rasmol.
La función es capaz de leer un átomo incluido en nuestra estructura TAtomPDB y escribir en un memo la línea completa y ordenada tal cual venía en el pdb de partida. Si realizamos un bucle for con cada átomo es capaz de reconstruir un fichero con los datos de la proteína.
El factores de temperatura, también conocidos como factor B, son valores que describen el desplazamiento de las posiciones átomicas respecto de su media. Cuanto más flexible sea un átomo mayor será su desplazmiento y por ello mayor será el factor B. Normalmente un factor de temperatura da lugar a un color rojo y un factor de temperatura bajo da lugar a color azul. Los factores intermedios se encuentran en una gama entre ambos colores.
Todas las proteínas presentan cierta flexibilidad necesaria para llevar a cabo su función gracias a la interacción con otras moléculas u proteínas. Generalmente, la interacción entre una proteína y una molécula se producen con aquellas regiones más flexibles.
Par realizar esta actividad utilizamos solo los carbonos alfa de la proteína, para obtenerlos incluimos un condicional ya que teníamos guardado la ID de cada átomo.
Una vez que guardamos el fichero nuevo obtenido con un SaveDialog desde el mismo programa podemos abrir RasMol y ver el resultado y dibujado por temperatura.
La imagen que obtenemos es:
Par realizar esta actividad utilizamos solo los carbonos alfa de la proteína, para obtenerlos incluimos un condicional ya que teníamos guardado la ID de cada átomo.
Una vez que guardamos el fichero nuevo obtenido con un SaveDialog desde el mismo programa podemos abrir RasMol y ver el resultado y dibujado por temperatura.
La imagen que obtenemos es:
Podemos ver como las zonas superiores tienen residuos que son muy lábiles y que corresponden con las zonas de unión a antígeno de las Ig.
